نماز آیات دو رکعت است و هر رکعت پنج رکوع دارد و می‌توان آن را دو گونه به جا آورد:
۱- بعد از نیّت، تکبیر بگوید و یک حمد و سوره تمام بخواند و به رکوع رود و سر از رکوع بردارد، دوباره یک حمد و یک سوره تمام بخواند، باز به رکوع رود، تا پنج بار این کار را انجام دهد، بعد از بلند شدن از رکوع پنجم دو سجده کند و برخیزد و رکعت دوم را مانند رکعت اول به جا آورد و تشهد بخواند و سلام دهد
.۲- بعد از نیت و تکبیر و خواندن حمد، آیه‌های یک سوره را پنج قسمت کند و یک قسمت از آن را بخواند و به رکوع رود، بعد سر بردارد و قسمت دوم از همان سوره را (بدون حمد) بخواند و به رکوع رود و همین طور تا پیش از رکوع پنجم سوره را تمام کندد و بعد به رکوع رود و رکعت دوم را هم به همین صورت به جا آورد، مثلًا سوره «قُلْ هُوَ اللَّهُ احَدٌ» را به ترتیب زیر تقسیم کند: قبل از رکوع اوّل: «بِسْمِ اللَّهِ الرَّحْمنِ الرَّحِیمِ» بگوید و به رکوع رود بعد بایستد و بگوید: «قُلْ هُوَ اللَّهُ احَدٌ» باز به رکوع رود و سربردارد و بگوید: «اللَّهُ الصَّمَدُ»، باز به رکوع رود و سر بردارد و بگوید: «لَمْ یَلِدْ وَ لَمْ یُولَدْ» و به رکوع رود و سر بردارد و بگوید: «وَ لَمْ یَکُنْ لَهُ کُفُوَاً احَدٌ»، بعد به رکوع رود و بعد از سر برداشتن دو سجده کند و رکعت دوم را نیز مانند رکعت اوّل به جا آورد و در آخر تشهد بخواند و سلام گوید.
حضرت آیت الله خامنه ای (مدظله) در اجوبه الاستفتائات درباره خواندن نماز آیات به این شیوه می‌فرماید: بعد از نیت و تکبیره الاحرام، حمد و یک آیه (البته احتساب بسم‌الله به عنوان یک آیه خلاف احتیاط است) از سوره‌ای را قرائت و رکوع کند. سپس سر از رکوع بردارد و آیه دیگری از آن سوره را بخواند و به رکوع رود و بعد، سر از رکوع برداشته و آیه دیگری از همان سوره را قرائت نماید و همین طور تا رکوع پنجم ادامه دهد تا سوره‌ای که پیش از هر رکوع، یک آیه از آن را قرائت کرده، قبل از رکوع آخر تمام شود.آیت الله العظمی سیستانی گفته است: در نماز آیات ممکن است انسان بعد از نیّت و تکبیر و خواندن حمد، آیه‌های یک سوره را پنج قسمت کند و یک آیه یا بیشتر از آن را بخواند بلکه کمتر از یک آیه را نیز می‌تواند بخواند ولی باید (بنابر احتیاط) جمله تامه باشد و از اول سوره شروع کند و به گفتن بسم الله اکتفا نکند و سپس به رکوع رود و سر بردارد و بدون اینکه حمد بخواند، قسمت دوم از همان سوره را بخواند و به رکوع رود و همین طور تا پیش از رکوع پنجم سوره را تمام نماید.
مثلاً در سوره فلق، اول، بسم الله الرحمن الرحیم قل اعوذ برب الفلق بگوید و به رکوع رود، بعد بایستد و بگوید من شر ما خلق، دوباره به رکوع رود و بعد از رکوع بایستد و بگوید ومن شر غاسق اذا وقب باز به رکوع رود و بایستد و بگوید و من شر النفاثات فی العقد و به رکوع رود و دوباره سر بردارد و بگوید و من شر حاسد اذا حسد و بعد از آن به رکوع پنجم رود. (مساله ۱۴۸۸)
همان چیزهایی که در نمازهای پنج گانه (یومیه) واجب و مستحب است، در نماز آیات نیز واجب و مستحب است ولی در نماز آیات، مستحب است به جای اذان و اقامه، سه مرتبه به قصد امید ثواب بگویند الصلاه.مستحب است بعد از رکوع پنجم و دهم بگوید سمع الله لمن حمده و نیز پیش از رکوع و بعد از آن تکبیر بگوید ولی بعد از رکوع پنجم و دهم، گفتن تکبیر مستحب نیست.خواندن نماز آیات به جماعت اشکال ندارد، بلکه مستحب است.در تقسیم سوره، «بسم الله الرحمن الرحیم» آیه به حساب نمی‌آید.
